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我校现有教育部重点实验室/国别与区域研究中心3个，省级重点实验室3个，省级人文社会科学重点研究基地8个，其他省级研究中心（院）/协同创新中心5个。省级科学普及基地（科技馆）1个，省级社会科学普及示范基地1个。市厅级重点实验室、仪器设备共享中心、以及校级研究所（中心）、协同创新中心、新型智库等各类科研机构48个。
（2018年11月数据）
| 教育部重点实验室/国别与区域研究中心 | ||||
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| 热带药用植物化学教育部重点实验室 | 热带岛屿生态学教育部重点实验室 | 菲律宾研究中心 | ||
| 省级人文社会科学重点研究基地 | ||||
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| 海南省基础教育课程与教学研究基地 | 海南省南海区域文化研究基地 | 海南省生态文明研究中心 | 海南经济特区法治战略研究基地 | |
| 海南省海上丝绸之路研究基地 | 海南省妇女/性别研究与培训基地 | 海南省意识形态与舆论研究基地 | 海南省民族艺术传承创新研究基地 | |
| 省级研究中心（院）/协同创新中心 | ||||
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| 海南省中国特色社会主义理论研究中心 | 海南省社会舆情和治理研究中心 | 海南省数学研究中心 | ||
| 海南省高校马克思主义理论研究和教育协同创新中心 | 海南教育改革与发展研究院 | |||