中心设单位理事构成的理事会，理事单位为：海南师范大学、海南大学、海南热带海洋学院、海南省教育研究培训院。

    中心设学术委员会，职责有决定中心的任务与工作方针;制定和修改章程;中心研究人员遴选以及主要研究课题的选题;审议中心工作报告;决定其它重大事宜。

    学术委员会是中心的最高决策机构，其成员由9人组成，任期5年。首届学术委员会成员由各理事单位联合提名，报海南师范大学批准后生效;换届后的学术委员会由上一届学术委员会负责推选，报海南师范大学批准后生效。中心设主任或名誉主任1名，由具有国际学术声誉的数学家担任，负责对中心的研究方向和重大事务提供指导。主任由学术委员会提名，经海南师范大学审批并报省教育厅备案后生效。中心设常务主任或执行主任1名，负责数学中心的具体组织和日常管理。常务主任或执行主任由中心学术委员会提名，经海南师范大学审批并报省教育厅备案后生效。中心设工作人员1名。